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明代朋党倾轧激烈，实与内阁制度名实不符的矛盾看密切关系，让阁臣不得不成为一个善舞长袖的人游走各党派之间。
这样的制度很难选上有能力的人，像孙传庭、金铉这样的人，如果不是朱由检大力支持，估计一辈子都很难坐上阁臣之位，因此朱慈燃对内阁的改制就是职权分明。
自九月初一开始，内阁与六部被剥分，内阁大学士被永定为七人，分别是中极殿大学士洪承畴、文渊阁大学士金铉、武英殿大学士孙传庭、建极殿大学士李长庚、东阁大学士周延儒、文楼大学士温体仁、武楼大学士杨文岳。
六部尚书被重新任命为吏部尚书范景文、礼部尚书徐霞客、兵部尚书卢象升、户部尚书沈廷扬、刑部尚书陈奇瑜、工部尚书孙元化。
也就是说，六部和内阁剥离开来，另外传统的廷推制度也被改变。
七位阁臣虽然还是由官员们廷推选拔，但决定权在皇帝，并且官员们只能廷推阁臣，首辅则是由皇帝委任。
另外，内阁分为五年考核一次，能者上，弱者下。
在职级上，内阁节制六部，同时总揽国家政务。
内阁有权任命六部尚书以下，都察院以外的大部分官员，负责制定和执行国家对内、对外的一切重大方针与政策。
同时，内阁向皇帝负责，定期向皇帝报告工作，接受六部、都察院和皇帝的监督。
如果都察院检举内阁，并且皇帝通过，那内阁停权留职，必须接受三司检查。
总体来说，朱慈燃的新制度下，内阁做的事情还是差不多，但他们不再兼任六部尚书，这就让皇帝原本需要对付六部尚书加阁臣的局面，变成了阁臣、六部尚书。
三角关系在政治上是十分稳定的，而朱慈燃之所以做出这样的安排，就是因为他想让宦官势力退出舞台，重新恢复到明初的政治格局。
同样是三角关系，皇帝、六部、内阁的关系，可比皇帝、文官、宦官要好太多了。
可见，朱慈燃对于太监干政是很不喜欢的，毕竟他走过民间，听说过万历年间太监干政导致的混乱局面。
不过，这样的改变，就让内阁的局面更为尴尬了。
在新的制度下，内阁虽然可以行使的是皇帝的权力。
但要是皇帝个个都是朱元璋、朱棣、朱由检、朱慈燃这样的工作狂，那内阁就基本没有用处。
只要皇帝勤政一点，内阁的权力就会缩小一点，皇帝越勤政，内阁权力就越小。
这虽然加强了内阁的合法性，但也极大限制了明中后期发展起来的内阁。
内阁对六部可以强硬，但对皇帝却不行，这就是朱慈燃想要的内阁，而他也借助朱由检尚在的余威，完成了他所想要的新内阁制度。
在新制度下，内阁主要就是帮助皇帝处理奏疏，这可以减轻朱慈燃的工作量，不像以前，内阁阁臣还得忙六部的事情。
不过，这样的坏处也很明显，那就是一旦皇帝懒政，内阁首辅就能一直把朝政，所以对皇帝也有一定的约束力。
对于内阁来说，这算是一则好消息，而对于洪承畴来说，他最高兴的消息就是在新内阁制度下，他终于坐上了自己梦寐以求的内阁首辅之位。
没激动，也没有惶恐，洪承畴很快就适应了自己的权力。
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